Krakau wird sicherlich jene nicht enttäuschen, die sich Erholung inmitten der Natur zu schätzen wissen. Innerhalb des Stadtgebiets befinden sich 5 Naturschutzgebiete mit einer Gesamtfläche von rund. 50 ha. Das sind: Bielańskie Skałki, Bonarka, Panieńskie Skały, Skałki Przegorzalskie und Skołczanka. Auf dem Gebiet Krakaus liegen auch teilweise die Landschaftsparks Bielańsko-Tyniecki (sogar 66% des Parks liegen innerhalb der Stadtgrenzen, darunter das Waldstück Lasek Wolski), Tenczyński und die sog. Krakauer Täler, unweit der Stadt u.a. der Dłubniański Landschaftspark.

Auf dem Stadtgebiet bzw. in seiner Nähe kann man diverse ökologische Nutzflächen finden: die Einöde von Rząska, die Wiesen Łąki Nowohuckie, den Teich Staw Dąbski, das Prądnik-Tal, den Teich in der ul. Kaczeńcowa, die Sümpfe am Bach Rzewny, die Einöde Kowadza und den Wald von Witkowice. Sie sollen das Ökosystem schützen, darunter bedrohte Tier- und Pflanzenarten. 
Allein in Krakau findet man 43 Parks mit einer Gesamtfläche von fast 400 ha! Die Einwohner erholen sich am liebsten im Jordan-Park, im Park Krowoderski und im Tadeusz-Kościuszko-Park. Als einer der besten Orte für Spaziergänge gilt der Weg entlang der Grünfläche Planty – eines in den Jahren 1822-1830 gegründeten Stadtparks, der die Altstadt „umhüllt”. Einer großen Beliebtheit erfreuen sich (vor allem im Sommer) die Uferpromenaden an der Weichsel.

Bemerkenswert sind auch Naturgebiete, die außerhalb der Stadtgrenzen liegen. Im Gegensatz zum bergigen Süden kennzeichnet sich das nördliche Małopolska durch sanfte Hügel und eine große Anzahl von Wiesen und Feldern. Es ist die am meisten landwirtschaftlich geprägte Region der Woiwodschaft. Auf der Miechowska-Hochebene kann man seltene Pflanzen- und Tierarten finden. Die Besucher kommen vor allem hierher, um die europaweit einzigartigen xerothermischen Wiesen zu bewundern, die aus malerischen Orchideen bestehen – jedes Jahr findet hier das „Orchideenfest” statt. Der zweite wichtige Bereich ist der Niepołomice-Urwald – ein Waldkomplex, in dem sich 6 Naturreservate mit einer Gesamtfläche von 94 ha befinden. Angelockt werden die Besucher nicht nur durch prachtvolle Flora- und Fauna-Exemplare (im Urwald gibt es eine Zuchtstation der Wisente), sondern auch durch zahlreiche Waldwege (darunter einen Bildungspfad) und den Radwanderweg Niepołomice - Szarów.