Parafię kościoła świętego Mikołaja w Moszczenicy Niżnej wzmiankowano już w wykazie z 1325 roku. Wspominał o niej również Jan Długosz, ale nie podawał jej wezwania. Kościół pochodzi prawdopodobnie z końca XVI wieku, z czasów po wcieleniu parafii moszczenickiej do starosądeckiej w 1573 roku. Był własnością konwentu klarysek, którego dobra klasztorne w 1782 roku znalazły się w zarządzie austriackim. Od 1980 roku Moszczenica Niżna ponownie jest parafią.

To orientowany kościół drewniany konstrukcji zrębowej, oszalowany pionowymi deskami. Układ wnętrza jest jednonawowy z węższym, trójbocznie zamkniętym prezbiterium, do którego przylega zakrystia i który od wschodu otaczają soboty wsparte na słupach. Od frontu znajduje się przedsionek konstrukcji szkieletowej. Kościół kryje jednolity, blaszany, stromy dach dwuspadowy z okapem. Na jego kalenicy góruje wieloboczna wieżyczka na sygnaturkę zwieńczona kopułką. Obok bezwieżowego kościoła stoi drewniana, wolnostojąca, niewielka dzwonnica z przełomu XVIII i XIX wieku, nakryta daszkiem namiotowym.

We wnętrzu krytym pozornym sklepieniem kolebkowym, znajdują się wysokiej klasy zabytki: gotycki obraz świętej Zofii z córkami z 1480 roku, na belce tęczowej późnogotycki krucyfiks z XVI wieku i późnorenesansowy ołtarz główny z XVII wieku z barokowym obrazem świętego Mikołaja, dwa późnorenesansowe ołtarze boczne o charakterze tryptyku z XVII wieku oraz obrazy z XVIII wieku.