55,3% de la superficie de la région de Małopolska est protégée : six parcs nationaux, 11 parcs paysagers, 10 zones paysagères protégées et 85 réserves y ont été créés. On compte également 2233 monuments naturels. Deux zones – le parc national Babiogórski et le parc national des Tatras – ont également été reconnues comme réserves de biosphère de l'UNESCO, c’est-à-dire des lieux exceptionnels à l'échelle mondiale, aux valeurs naturelles uniques.

Une telle diversité de paysages se traduit par une faune et une flore exceptionnellement riches. Dans les seuls parcs nationaux ont été répertoriées plus de la moitié de toutes les espèces végétales et animales existant en Pologne. Les fragments de forêt primaire encore préservés dans les Piénines, le massif de Babia Góra, les Tatras et les Beskides de Sącz sont véritablement uniques. Ces massifs forestiers constituent un refuge pour un grand nombre d'espèces rares et menacées répertoriées dans les livres rouges du pays. Dans la région de Małopolska vivent également tous les grands prédateurs de Pologne : ours, loup, lynx et chat sauvage, et c’est aussi ici, et plus précisément dans les Tatras, qu’on peut trouver l'edelweiss alpin et le chamois, symboles d’un environnement vierge de toute activité humaine.

On peut admirer les trésors naturels de la région de Małopolska en suivant les nombreux sentiers de randonnée pédestre, cycliste et équestre. Il ne faut cependant pas oublier que la protection de la nature étant une priorité dans les parcs et réserves nationaux, certaines règles s'y appliquent, et tout d'abord l’interdiction de s'écarter des itinéraires balisés. Il est également interdit de nourrir les animaux ou de cueillir des plantes, même des fleurs d'apparence modeste. Il faut aussi laisser les pierres à leur place. La nature n'aime pas non plus le bruit et les déchets. Respectez ces exigences, qui ne sont après tout pas si grandes.