Až 55,3 % rozlohy Malopoľska podlieha ochrane prírody: bolo tu vytvorených 6 národných parkov, 11 chránených krajinných oblastí, 10 prírodných parkov a 85 rezervácií. Tiež sa tu nachádza 2233 prírodných pamiatok. Dve oblasti – Babiohorský a Tatranský národný park – boli tiež uznané za biosférické rezervácie UNESCO, miesta unikátne v svetovom meradle, s jedinečnými prírodnými hodnotami.

Takáto rôznorodosť krajiny sa musí premietať na bohatstve fauny a flóry. V samotných národných parkoch bola katalogizovaná viac než polovica všetkých druhov rastlín a zvierat vyskytujúcich sa v Poľsku. Skutočný unikát predstavujú časti lesov pôvodného charakteru, ktoré sa ešte dochovali v Pieninách, masíve Babej hory, Tatrách a v Sadeckých Beskydách. Tieto komplexy predstavujú útočisko pre obrovské množstvo vzácnych a vyhynutím ohrozených druhov zvierat, zapísaných do poľských červených kníh. Práve v Malopoľsku žijú všetky veľké poľské dravé cicavce: medveď, vlk, rys a mačka divá, tu tiež, konkrétne v Tatrách, môžeme vidieť plesnivec alpínsky a kamzíka – symboly životného prostredia nezmeneného ľudskou činnosťou.

Prírodné poklady Malopoľska možno obdivovať, pokiaľ sa vydáme na početné chodníky – pešie, cyklistické, jazdecké. Nesmieme ale zabúdať, že v národných parkoch a rezerváciách, kde prioritu predstavuje ochrana prírody, platia isté pravidlá, predovšetkým zákaz schádzať z vyznačených trás. Nesmú sa kŕmiť zvieratá ani trhať rastliny, dokonca ani nenápadne vyzerajúce kvietky. Nech na svojom mieste zostanú i horniny. Príroda tiež nemá rada hluk a odpadky. Ctime tieto, nijako náročné, požiadavky.